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Sian Ka’an: La Reserva de Sian Ka'an que en lengua maya significa ‘puerta del cielo’ o ‘lugar donde empieza el cielo’, es un espacio natural protegido y que fue declarada “Patrimonio de la Humanidad” por la Unesco en 1987.

Su principal característica es que su superficie está constituida principalmente por piedra caliza, que impide la formación de corrientes superficiales de agua y favorece el afloramiento de cenotes . Frente a la costa de Sian Ka'an, en el Mar Caribe , se ubica un complejo de arrecifes coralinos que constituyen el segundo más amplio en su tipo, después de la Gran Barrera de Arrecifes, al oriente de la costa de Australia.

En la costa de esta Reserva de la Biosfera se localizan amplias playas de arena blanca, pequeñas bahías y manglares, entre otros sistemas ecológicos.

Un ecosistema muy peculiar en los humedales de Sian Ka'an es el de los llamados petenes, masas de árboles que pueden medir hasta treinta metros de altura y que se levantan entre las hierbas de los pantanos. Estas formaciones vegetales son casi únicas en el mundo, pues fuera de la península de Yucatán, no existen más que en el estado norteamericano de Florida, donde se les conoce como hammocks, y en Cuba, donde se les llama cayos de monte.

Arrecifes de Cozumel: Se considera como parte de la barrera arrecifal denominada “Gran Cinturón de Arrecifes del Atlántico Occidental” (también conocido como “Gran Arrecife Maya” y pertenece al “Sistema Arrecifal Mesoamericano”). Constituye un recurso natural de gran importancia para la economía regional, ya que en él se realizan actividades recreativas, de conservación, aprovechamiento, educación, difusión y monitoreo.

Probablemente el origen de la isla corresponde a un desprendimiento del margen oriental de la península durante la formación de la cuenca de Yucatán, entre el Mesozoico Tardío y el Cenozoico Temprano. La naturaleza kárstica de la isla impide la formación de ríos en su superficie, ya que toda el agua de lluvia se filtra a través de fracturas y fisuras en el terreno hasta el nivel freático; por lo que los escurrimientos hacia el mar prácticamente no acarrean sólidos en suspensión.

El investigador submarino Jacques Cousteau dio a conocer, en 1960, la riqueza de los arrecifes de coral que rodean la isla, lo que hizo que los entusiastas del buceo se enteraran de la existencia de Cozumel, desencadenando en 1965 el inicio del desarrollo turístico, para recibir a los visitantes. El 11 de junio de 1980 se decretó federalmente una “Zona de refugio para la protección de la flora y la fauna marinas de la costa occidental de la isla de Cozumel”.